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ERASysBio+ - Verbundprojekt: ApoNET - Systembiologische Analyse von TNF und TRAIL Signalwegen in Leberzellen - Teilprojekt 2

Förderkennzeichen: 0315714B
Projektdauer: 01.03.2010 - 28.02.2013

Ziel ist die Entwicklung statistischer, zeitaufgelöster Modelle der TNF und TRAIL induzierten inflammatorischen und apoptotischen Signalwege in Primären Leber- und Leberzellkarzinom-Zellen. Die hierzu etablierten Dynamic Nested Effects Models (D-NEM) erlauben die Rekonstruktion der Signalwege aus systembiologisch gewonnenen Daten. Gleichzeitig ermöglichen die D-NEM durch den iterativen Abgleich zwischen Modell und intervenierendem systembiologischen Experiment die verbesserte Auflösung sowie das Auffinden redundanter Zweige des Signalnetzwerkes. Wir werden zunächst die Software für den Vergleich mehrerer D-NEM sowie für das erfassen signifikant unterschiedlicher Signalwege in unterschiedlichen Zelltypen entwickeln. Parallel erfolgt der Aufbau der rechnerischen Infrastruktur. Im Folgenden werden wir statische Nested Effects Models generieren um TNF, TRAIL und TNF+TRAIL induzierten Signalwege zwischen Primären Leber- und Leberzellkarzinom-Zellen zu vergleichen. Aufbauend auf den gewonnenen Daten generieren wir D-NEM um die Signalwege zeitaufgelöst zu vergleichen.

Projektpartner Deutschland:

Universität Regensburg - Medizinische Fakultät - Institut für Funktionelle Genomik
Josef-Engert-Str. 9
93053 Regensburg
Prof. Dr. Rainer Spang
Telefon: +49 941 943-5053
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