Die deutsch-israelische Wissenschaftskooperation war Wegbereiter der diplomatischen Beziehungen. Eckpfeiler der Zusammenarbeit heute sind die Minerva-Stiftung, die interministerielle Forschungskooperation zwischen BMBF, BMU und israelischen Ministerien, die Deutsch-Israelische Stiftung für wissenschaftliche Forschung und Entwicklung (GIF) sowie die Deutsch-Israelische Projektkooperation (DIP).