Das ITE wird von einem Direktorium, bestehend aus den beiden hauptamtlichen Hochschullehrern, mit wechselnder Geschäftsführung geleitet. 1983 wurde auf Grund des novellierten Niedersächsischen Hochschulgesetzes eine Abteilungsstruktur am ITE eingeführt.
Das Institut besteht aus vier in Lehre und Forschung autonomen Abteilungen:
- Bohr- und Produktionstechnik
- Lagerstättentechnik
- Gasversorgungssysteme
- Geothermale Energiesysteme und optimierte Integration.
