ERA-NET EuroTransBio-10: Omicsglioma - Vorhersage des Therapieerfolgs von Glioblastomen beim Menschen durch zeitoptimierte Hochdurchsatz-Sequenzierung (NGS) und Analyse durch an die Progressionsmechanismen adaptierte bioinformatische Algorithmen.

Glioblastome sind aggressive Hirntumore mit einer mittleren Überlebenszeit von nur 14 Monaten. Trotz aggressiver Therapie - hirnchirurgischer Entfernung, Strahlen- und Chemotherapie - rezidiviert das Glioblastom (GBM) in 95 % der Fälle. Gegenwärtig entwickelt sich in der klinisch-experimentellen Forschung ein Konsens das molekulare Unterschiede zwischen Tumoren größten Einfluss auf das Ergebnis der Therapie individueller Patienten haben. Dieses Projekt hat zum Ziel ein diagnostisches System zu generieren, dass eine Vorhersage des Behandlungsergebnisses für therapierefraktäre GBM ermöglicht und eine interdisziplinäre akademische und kommerzielle Struktur für die individualisierte Therapie von GBM schafft. Dieses Ziel wird erreicht durch einen intergrativen Verbund von state-of-the-art molekularer Methodologie (Next Generation Sequencing, NGS), einer neuartigen bioinformatischen Plattform (OncoFinder) und der spezifischen Expertise klinisch- experimenteller Neuroonkologie. Das Projekt beinhaltet drei Arbeitspakete (WPs 1-3), deren Bearbeitung ineinandergreift. WP1 umfasst die prospektive Analyse von nativem Tumorgewebe neudiagnostizierter und therapierefraktärer GBM (20 Patienten), nach chirurgischer Gewinnung, Gewebe- und Zellkulturaufbereitung, histologischer Charakterisierung und NGS Analyse vom 60-100 Einzelproben (3-5 Regionen pro Tumor), Archivierung des Tumorgewebe und bewertende Zusammenstellung klinischer Information in einer Datenbank. WP2 umfasst die retrospektive Analyse neudiagnostizierter und therapierefraktärer GBM. Die Arbeiten umfassen die Aufarbeitung und Charakterisierung von 250 FFPE-Tumorproben (50 Patienten, 3-5 Regionen pro Tumor). WP3 bearbeitet die prospektive Analyse von Gliomstammzellen neudiagnostizierter und therapierefraktärer GBM nach Stammzellisolierung aus nativem Tumorgewebe, Etablierung von stabilen Gliomstammzellkulturen und deren detaillierter molekularer Charakterisierung klinisch relevanter Aspekte.