Auf nationaler Ebene sind in Brasilien das Ministerium für Wissenschaft, Technologie und Innovation (Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovaçaõ, MCTI) sowie das Ministerium für Bildung (Ministério da Educação, MEC) für die Themen Forschung und Bildung zuständig.

Das Bildungsministerium (MEC) ist für die nationale Bildungspolitik zuständig und gibt gleichzeitig den Rahmen für die Bildung auf den anderen administrativen Ebenen vor. Zu den Kompetenzen des MEC gehören alle Aspekte der Bildung: Grundschulbildung, Sekundarbildung, Hochschulbildung, berufliche Bildung sowie Fernstudien. Außerdem ist das MEC zuständig für Bildungsforschung, den Ausbau der Universitätslandschaft und universitäre Forschung sowie die Evaluierung und Kontrolle der nationalen Bildungsprogramme. Zur Umsetzung seiner Aufgaben stehen dem MEC ein jährliches Budget von ca. 37 Mrd. Euro zur Verfügung.

Auf der Ebene der Bundesstaaten sind die entsprechenden Bildungsministerien (Secretarias de Educação) für die Bildungspolitik zuständig.

Das brasilianische Ministerium für Wissenschaft, Technologie und Innovation (MCTI) gibt die Richtlinien der nationalen Wissenschafts- und Technologiepolitik vor. Zu den Aufgaben des MCTI gehören die Entwicklung von Wissenschaft und Technologie in Brasilien, die Koordinierung fachlicher Forschungsprogramme sowie die Unterstützung der Entwicklung von Innovation und Hochtechnologie. Der Umfang des Budgets war in den letzten Jahren erheblichen Schwankungen unterworfen und liegt seit 2023 wieder bei etwa 3 Mrd. Euro (siehe unter Forschungs- und innovationspolitische Ziele und Programme).

Viele brasilianische Bundesstaaten verfügen über eigene Ministerien für Wissenschaft und Technologie. Seit 2005 sind diese in einem eigenen Rat zusammengeschlossen (Conselho Nacional de Secretários Estaduais para Assuntos de CT&I, CONSECTI).

Die internationale Zusammenarbeit in Wissenschaft, Technologie und Innovation wird federführend vom MCTI gestaltet. Das MCTI leitet auf brasilianischer Seite die WTZ-Kommissionssitzungen mit den internationalen Partnern. Das brasilianische Außenministerium (Ministério das Relações Exteriores, MRE, auch Itamaraty genannt) ist mit der Abteilung für Wissenschaftskooperation (DCT)  an beteiligt. 

Das Bildungsministerium (MEC) wird bei seinen Aufgaben vom Nationalen Bildungsrat (Conselho Nacional de Educação, CNE) unterstützt, der integraler Bestandteil des Ministeriums ist. Der CNE setzt sich aus 24 Mitgliedern zusammen, die durch das brasilianische Staatsoberhaupt für vier Jahre nominiert werden. Der Rat verfügt über zwei Kammern, eine für Grundbildung (Câmara de Educação Básica) und eine für höhere Bildung (Câmara de Educação Superior). Außerdem leistet das Nationale Anísio-Teixeira-Institut für Bildungsstudien und -forschung (Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira, INEP) Unterstützung für das Bildungsministerium, indem es Daten sammelt und auswertet.

Das brasilianische Ministerium für Wissenschaft, Technologie und Innovation (MCTI) wird durch den Nationalen Wissenschafts- und Technologierat (Conselho de Ciencia e Tecnologia, CCT) beraten.

Die 1916 gegründete Brasilianische Akademie der Wissenschaften (Academia Brasileira de Ciências, ABC) ist eine Fachgesellschaft, die das Wissenschaftsministerium (MCTI) und Fachministerien berät.