Für die internationale Zusammenarbeit in Bildung ist federführend das Bildungsministerium MEC, für Forschung und Innovation das Wissenschaftsministerium (aktuelle Bezeichnung Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações, MCTI) verantwortlich. Die Fachministerien werden dabei durch  das brasilianische Außenministerium (Ministério das Relações Exteriores, MRE, auch Itamaraty genannt) u.a. mit einer Abteilung für Wissenschaftskooperation (DCT) und einem Referat für die Bildungskooperation (DCE) unterstützt.

Auslandsstipendien für Masterstudierende, Promovierende und ausgebildete Forschende werden sowohl vom Nationalen Hochschulrat CNPq als auch von der Förderagentur für Hochschulbildung CAPES vergeben.

Aushängeschild der brasilianischen internationalen Forschungspolitik war für mehrere Jahre das Stipendienprogramm "Wissenschaft ohne Grenzen - Science without borders". Mit dem Programm der brasilianischen Regierung sollten Studierende und Forschende Kontakt zu den weltweit besten Universitäten und Forschungseinrichtungen in den Schwerpunktbereichen Medizin, Lebenswissenschaften, Ingenieurwissenschaften und Technologieforschung aufbauen. In den Jahren 2011 bis 2016 nahmen über 90.000 brasilianische Studierende teil. (überwiegend Bachelor und Master, aber auch 11.700 Promovierende und 5.500 brasilianische Post-Docs). Knapp ein Drittel der Stipendien wurde für Aufenthalte in den USA vergeben, Deutschland lag als Zielland an fünfter Stelle. Im Rahmen der massiven Budgetkürzungen der Übergangsregierung wurde das Programm 2016 eingestellt.

2017 hat CAPES ein Programm zur Förderung der institutionellen Internationalisierung von Hochschulen (Programa Institucional de Internacionalização de Instituições de Ensino Superior (IES) e de Institutos de Pesquisa do Brasil, CAPES/PrInt, Pressemitteilung) aufgelegt. Im Gegensatz zu dem Vorgängerprogramm „Wissenschaft ohne Grenzen“, das auf Personen ausgerichtet war, ist CAPES/PRINT ein Strukturprogramm und legt einen klaren Schwerpunkt auf Postgraduiertenstudien. CAPES gewährt brasilianischen Einrichtungen Unterstützung bei der Entwicklung von strategischen Ansätzen zur Internationalisierung.  Jährlich werden etwa. 80 Millionen Euro zur Verfügung gestellt,  um vor allem Reisen ins Ausland und den Aufenthalt von Gastforschenden in Brasilien zu finanzieren. IDie Projekte haben eine Laufzeit von bis zu vier Jahren.Es werden über 30 brasilianische Hochschulen gefördert, in der Mehrzahl nationale staatliche Universtäten. Unter anderem werden aber auch Forschungseinrichtungen gefördert, die Hochschulrang haben, wie der sozialwissenschaftliche Thinktank FGV, FIOCRUZ oder INPE.

Die internationale Zusammenarbeit in Forschungs- und Technologieprojekten wird sowohl von CNPq als auch von FINEP gefördert. In beiden Einrichtungen gibt es internationale Abkommen zur Zusammenarbeit. Auch CAPES fördert internationale Kooperationsprojekte, so zum Beispiel den Forschungsverbund „Collaborative Research Initiative Smart Connected Manufacturing“ (CRI-SCMfg), siehe unter Kooperation mit Deutschland). Zunehmende Bedeutung in der Förderung der internationalen Forschungszusammenarbeit hat die Förderagentur des Bundesstaates São Paulo (FAPESP). Wie bei den nationalen Einrichtungen besteht eine Reihe von internationalen Kooperationsabkommen. Internationale Forschungsprojekte werden entweder im Rahmen von bilateralen Bekanntmachungen oder einseitig von FAPESP unterstützt.

Argentinien und Brasilien arbeiten in den Bereichen Biotechnologie und Nanowissenschaften eng zusammen. Die Länder haben zwei bi-nationale Forschungszentren gegründet: 1987 das Brasilianisch- Argentinische Zentrum für Biotechnologie (CABBIO) und 2005 das Argentinisch-Brasilianische Zentrum für Nanowissenschaften und Nanotechnologie (Centro Brasileño-Argentino de Nanociencias y Nanotecnología, CBAN).

Die Zentren fördern die Ausbildung von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern im Rahmen von Aufbaukursen, den regelmäßigen Austausch von Studierenden und Forschenden, die Durchführung gemeinsamer Forschungsprojekte sowie die Organisation bilateraler Symposien. Diese Maßnahmen werden auf der Grundlage von bilateralen Bekanntmachungen gefördert.

Seit 1998 hat Agrarforschungseinrichtung EMBRAPA unter dem Programm LABEX Auslandspräsenzen eingerichtet. EMBRAPA entsendet ausgewählte Forschende für zwei bis drei Jahre an Partnereinrichtungen im Ausland, um dort virtuelle gemeinsame Laboratorien aufzubauen. Ziel ist es, dadurch einen stärkeren Wissens- und Technologietransfer anzustoßen. Solche Außenstellen bestehen derzeit in den USA, Europa (primär Frankreich,seit 2002) und China.