Die Zuständigkeiten für Forschung, Wissenschaft und Bildung teilen sich die föderale Regierung, landesüblich kurz Ottawa genannt, und die zehn Provinzen und drei Territorien. Das gesamte nationale Bildungswesen, einschließlich der Hochschulen, unterliegt den Provinzregierungen. Ein für Bildung zuständiges Ministerium auf Bundesebene existiert nicht. Die für die Bildung zuständigen Minister der Provinzen und Territorien habem mit dem Council of Ministers of Education, Canada (CMEC) ein Diskussions-, Kooperations- und Informationsforum auf nationaler Ebene geschaffen, das Kanada in Bildungsangelegenheiten auch im Ausland vertritt. Der Vorsitz des CMEC rotiert turnusmäßig durch alle Provinzen und Territorien.

Die durch die kanadische Bundesregierung organisierte und finanzierte Forschung und Forschungsförderung ist dezentral verankert, es gibt in Kanada kein übergreifendes Forschungsministerium (siehe unter Forschungs- und Förderorganisationen). Vielmehr tragen verschiedene Fachministerien und deren nachgeordnete Einrichtungen, die so genannten „Science Based Departments and Agencies (SBDAs)“, Verantwortung. Für die Rahmenbedingungen der Forschungspolitik teilen sich die Bundesregierung und die Provinzen die Zuständigkeit. Auf Bundesebene ist das Ministerium für Innovation, Wissenschaft und wirtschaftliche Entwicklung („Inovation, Science and Economic Development Canada“, ISED) ist für die übergeordneten Fragen der Forschungs- und und Forschungsförderpolitik verantwortlich. Einige Provinzen haben auch eigene Innovations-/Wissenschaftsministerien, die insbesondere die lokalen Wissenschafts- und Wirtschaftskräfte stärken sollen.

Die internationale Zusammenarbeit im Bereich der Forschung und Technologie ist dem Außenministerium „Global Affairs Canada“ zugeordnet. Dieses beansprucht auch eine Zuständigkeit zu Fragen der internationalen Bildung (z.B. Mobilität von Studierenden).

Zu den Mitgliedern des 2005 gegründeten Council of Canadian Academies (CCA) gehören die Royal Society of Canada (RSC), die Canadian Academy of Engineering und die Canadian Academy of Health Sciences. Der CCA führt in größeren Abständen umfangreiche Bestandsaufnahmen zum kanadischen Forschungs- und Innovationssystem durch (2006, 2012 und 2018) und publiziert Studien zu ausgewählten Themen. Zuletzt hat der CCA 2025 eine umfassende kritische Bestandsaufnahme des kanadischen Forschungs- und Innovationssystems vorgelegt („The State of Science, Technology and Innovation in Canada 2025", Volltext, Infografik, Pressemitteilung, siehe unter Ergebnisse von Evaluierungen).

2017 hatte bereits ein spezielles „Advisory Panel for the Review of the Federal Support for Fundamental Science" einen umfassenden Bericht vorgelegt („Investing in Canada’s Future: Strengthening the Foundations of Canadian Research”). Der Panel war nach Ende der konservativen Regierung eingerichtet worden, um eine Bestandsaufnahme der Effektivität des kanadischen Forschungssystems durchzuführen und Vorschläge für Verbesserungen durch die neue liberale Regierung zu erarbeiten. Zu den Empfehlungen gehört, das 2007 unter der konservativen Reigierung eingerichtete Beratungsgremium Science, Technology and Innovation Council (STIC) wieder abzuschaffen und durch einen „National Advisory Council on Research and Innovation" (NACRI) zu ersetzen. NACRI soll die Förderpolitik der Bundesregierung evaluieren und die Regierung zu den Ausgaben und Prioritäten beraten.

Im September 2017 wurde  Mona Nemer zum „Chief Science Advisor“ ernannt. Sie hat die Aufgabe, der kanadischen Regierung wissenschaftsbasierte Empfehlungen zur Politikgestaltung zu geben und auf eine stärkere Berücksichtigung von wissenschaftlichen Ergebnissen hinzuwirken.  Die Position des „Chief Science Advisor“ war unter der vorherigen konservativen Regierung abgeschafft worden. 2024 wurde Mona Nemer für eine vierte Amtsperiode nominiert.