Das Ziel des Verbundprojektes ist es, ein erweitertes Testsystem für die Entwicklung neuer Therapien gegen Alzheimer zu etablieren. Das Teilprojekt der GenXPro verwendet dazu ein von den Partnern entwickeltes, neuartiges Mausmodell für AD, um einen Epigenom-basierten Test für die Diagnose der Erkrankung aus dem Blut zu generieren, der auch für die Profilierung der Wirkung von AD-Medikamenten im Mausmodell genutzt werden kann. Dazu wird zunächst die DNA aus den Gehirnen der Mausmodelle, welche die pathogene Situation im Gehirn von AD-Patienten reflektieren mit NGS-basierten Techniken nach neuen epigenetischen Markern durchsucht. Die DNA aus dem Blut derselben Mäuse wird ebenso profiliert. So werden Marker identifiziert, die in beiden Geweben für die Krankheit charakteristisch sind. Im dritten Schritt werden dann diese Marker im Blut von AD-Patienten identifiziert. Marker, die sowohl in den Maus-als auch in den Mensch-Geweben informativ sind, werden für die Herstellung eines Blut-basierten, diagnostischen Tests für klinische Studien verwendet. Ziel ist die Identifikation von etwa 10 validierten Sequenzen. Das Projekt hat dabei einige technische Hürden zu überwinden, wobei vor allem die geringe Menge an DNA, die aus Mäusehirn- und Blut gewonnen werden kann, eine große Herausforderung darstellt. Für die Identifikation der Marker soll die Methyl-Seq-Methode verwendet werden, die etwa 1,3 Millionen Cytosine im Genom auf ihren Methylierungszustand überprüft. Um mit dieser Methode auch aus geringen Materialmengen verlässliche Methylierungsprofile zu generieren, wird die GenXPro ihre patentierte TrueQuant-Technologie in die Präparationsroutine für die Methyl-Seq-Banken einbinden, um Artefakte, die während der Präparation der Banken für die Sequenzierung durch PCR entstehen, zu erkennen und aus dem Datensatz zu entfernen. Weiter sollen bioinformatische Routinen entwickelt werden, die der Technologie angepasst sind, um die Marker aus den Methylierungsprofilen auszulesen.