Die im Projekt anfallenden großen Mengen an Hochdurchsatzdaten (big data) erfordern erheblichen Aufwand bei der Verwaltung, Prozessierung und Auswertung. Dieses Teilprojekt entwickelt dazu ein zentrales Datenwarenhaus, in dem alle in den übrigen Teilprojekten erzeugten Datensätze abgelegt werden. Die komplexen Datensätze aus der Sequenzierung und Massenspektrometrie werden dabei durch neu entwickelte Software vorverarbeitet. Automatisierung ermöglicht eine schnelle und konsistente Analyse der Daten. Kombiniert mit existierendem biomedizinischem Wissen erlauben die Daten den medizinischen Partnern die Entwicklung von Hypothesen zu Krankheitsmechanismen und neuen Therapieansätzen. Das Teilprojekt gliedert sich in zwei Arbeitspakete (WP1 und WP2). In WP1 wird die Infrastruktur zur Verwaltung, Qualitätskontrolle und Prozessierung der Hochdurchsatzdaten aufgesetzt. Dies erfolgt über die Infrastruktur des Zentrums für Quantitative Biologie (QBiC). Dedizierte Pipelines werden dann für genomics, transkriptomische und proteomische Daten etabliert und getestet. Zur Integration auf Netzwerkebene werden wir UniPAX verwenden. Die statistische Analyse der Daten erfolgt in WP2. Hier werden die Daten die in WP1 verwaltet werden analysiert. Verschiedene Re-Normalisierungstechniken werden miteinander verglichen und nach einem Mapping auf Netzwerke werden Enrichment-Methoden angewandt, die auch die Netzwerkstruktur mit berücksichtigen.
e:Med - Modul II - Verbundprojekt: MitoPD - Mitochondriale Endophänotypen der Parkinson Krankheit - Teilprojekt C
            
                
                    Laufzeit:
                    01.03.2015
                    
                        - 31.12.2018
                    
                
            
            
                
                    Förderkennzeichen: 031A430C
                
            
            
            
        
			
				
						
								
									Koordinator: Eberhard-Karls-Universität Tübingen - Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät - Fachbereich IV Informatik - Wilhelm-Schickard-Institut für Informatik - Angewandte Bioinformatik
								
						
				
    
    
                        
    
	
	
	
			
					
            
            
            
                
                    Verbund:
                    e:Med - Modul II - Verbundprojekt: MitoPD - Mitochondriale Endophänotypen der Parkinson Krankheit
                
            
            
            
                
                    Quelle:
                    Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)
                
            
            
				
					Redaktion:
					
					
              
                DLR Projektträger
              
						
				
            
			
				Länder / Organisationen:
				
					
					
				
					
					Luxemburg
				
					
					
				
					
					
				
			
			
				Themen:
        
          
              
            
				
          
              
            
				
          
              
                Förderung
              
            
				
          
              
                Lebenswissenschaften
              
            
				
			
            
            
            
		
	
    
	
        
	
    
    
		
    
            
                    
                            
																
																	Weitere Informationen
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