e:Med - Modul II - Verbundprojekt: MitoPD - Mitochondriale Endophänotypen der Parkinson Krankheit - Teilprojekt C

Die im Projekt anfallenden großen Mengen an Hochdurchsatzdaten (big data) erfordern erheblichen Aufwand bei der Verwaltung, Prozessierung und Auswertung. Dieses Teilprojekt entwickelt dazu ein zentrales Datenwarenhaus, in dem alle in den übrigen Teilprojekten erzeugten Datensätze abgelegt werden. Die komplexen Datensätze aus der Sequenzierung und Massenspektrometrie werden dabei durch neu entwickelte Software vorverarbeitet. Automatisierung ermöglicht eine schnelle und konsistente Analyse der Daten. Kombiniert mit existierendem biomedizinischem Wissen erlauben die Daten den medizinischen Partnern die Entwicklung von Hypothesen zu Krankheitsmechanismen und neuen Therapieansätzen. Das Teilprojekt gliedert sich in zwei Arbeitspakete (WP1 und WP2). In WP1 wird die Infrastruktur zur Verwaltung, Qualitätskontrolle und Prozessierung der Hochdurchsatzdaten aufgesetzt. Dies erfolgt über die Infrastruktur des Zentrums für Quantitative Biologie (QBiC). Dedizierte Pipelines werden dann für genomics, transkriptomische und proteomische Daten etabliert und getestet. Zur Integration auf Netzwerkebene werden wir UniPAX verwenden. Die statistische Analyse der Daten erfolgt in WP2. Hier werden die Daten die in WP1 verwaltet werden analysiert. Verschiedene Re-Normalisierungstechniken werden miteinander verglichen und nach einem Mapping auf Netzwerke werden Enrichment-Methoden angewandt, die auch die Netzwerkstruktur mit berücksichtigen.